...но мы обнаружили значительное сокращение бактериального разнообразия и равномерности в яблоках с традиционным применением пестицидов. Кроме того, несмотря на сходную структуру, в которой преобладают Proteobacteria (80%), Bacteroidetes (9%), Actinobacteria (5%) и Firmicutes (3%), наблюдались значительные сдвиги почти 40% бактериальных родов и отрядов. Среди них было обнаружено, что в бактериях с яблоками, находящимися под традиционным управлением, особенно заметно количество бактериальных сигнатур, известных своим влиянием на здоровье. Наши результаты показывают, что мы потребляем около 100 миллионов бактериальных клеток с одним яблоком. Хотя это количество было одинаковым, бактериальный состав значительно отличался в яблоках, получаемых традиционным и органическим способом.

Вступление
Связанная с хозяином микробиота участвует в вопросах здоровья хозяина; это было показано и для людей и растений ( Derrien и van Hylckama Vlieg, 2015 ; Berg et al., 2017 ). Несмотря на то, что микробные сообщества специально составлены и частично глубоко внедрены в организм-хозяин, они по существу являются открытыми и взаимосвязанными экосистемами ( Berg, 2015 ). Однако эта связь и обмен между микробиомами менее понятны, несмотря на то, что их важность для здоровья отражена в настоящее время и в единой концепции здоровья ( Flandroy et al., 2018 ). Ось микробиома кишечника растения может иметь особое значение для здоровья человека, а сырые растения кажутся важным источником микробов ( Leff and Fierer, 2013 ; Berg et al., 2014 ; Wassermann et al., 2017 ). Недавно было показано, что связанная с растением микробиота, включая бактерии, грибы и вирусы, временно колонизирует кишечник ( David et al., 2014 ); таким образом, формируя наш переходный микробиом ( Derrien и van Hylckama Vlieg, 2015 ).........
Яблоки представляют собой самый важный диетический источник для различных флавоноидов в наших рационах, и благотворное влияние на здоровье человека благодаря яблочным процианидинам и пектину часто описывается ( Shoji and Miura, 2014 ; Sanz et al., 2015 ; Shtriker et al., 2018 ). Исследования показывают, что добавление яблок может вызывать существенные изменения в составе микробиоты и метаболической активности in vitro , что может быть связано с потенциальной пользой для здоровья человека ( Koutsos et al., 2017 ; Garcia-Mazcorro et al., 2019 ).......
.....потребление одного органического и одного обычного яблока «Арлет» включает в себя употребление 1,39 × 10 8 и 4,19 × 10 7 номеров копий гена 16S рРНК соответственно......
Таксономическое распределение OTU выявило 44 различных типа, 325 отрядов и 1755 родов. Среди бактериальных типов преобладают Proteobacteria с 80%, за которыми следуют Bacteroidetes (9%), Actinobacteria (5%) и Firmicutes (3%). Burkholderiales были очень распространены в отношении бактериальных порядков (численность 31%), за которыми следовали Sphingomonadales (14%), Rhizobiales (12%), Pseudomonadales (11%), Enterobacteriales (7%) и Cytophagales (5%); Micrococcales , Sphingobacteriales , Bacillales, Rhodospirillales и Flavobacteriales в порядке возрастания составляют от 5 до 1% от общего OTU. OTU, относящиеся к роду Ralstonia, были наиболее частыми с 13%, тогда как Sphingomonas (12%), Pseudomonas (11%), Massilia (7%), Methylobacterium (7%), Burkholderia (5%), Pantoea (5%), и Hymenobacter (5%), кроме того, были в изобилии.....
...Среди них следует отметить Methylobacterium , Hymenobacter , Spirosoma и Zymomonas, которые широко распространены в яблоках с органическим управлением, а также Burkholderia , Pantoea , Erwinia и Acinetobacter , особенно широко распространенные в обычных с применением пестицидов яблоках......
Среди них Cytophagales были в большом количестве в органических яблоках, в то время как отряды Burkholderiales , Pseudomonadales , Enterobacteriales и Flavobacteriales преобладали в обычных яблоках.....

Индикаторы для здоровья с акцентом на энтеробактерии
Микробиота обычных и органических яблок была подвергнута скринингу на предмет их способности показывать полезные для здоровья свойства для людей. Для этой цели мы создали таблицу OTU, содержащую только энтеробактерии , так как описывается, в частности, этот порядок, содержащий таксоны, ответственные за вспышки, вызванные пищей. В нашем наборе данных было обнаружено, что порядок использования энтеробактерий значительно выше в яблоках с традиционным управлением (описан выше и в дополнительной таблице 1 ). На рисунке 6 показана относительная распространенность таксонов к общему количеству энтеробактерий в тканях яблок с органическим и традиционным управлением. Pantoea была наиболее распространенной среди всех образцов, составляя от 60 до 99% микробиоты Enterobacteriales ; однако Pantoea был значительно более распространен в яблоках с традиционным управлением ( дополнительная таблица 1 ). Pectobacterium , Tatumella и Enterobacter, кроме того, были в изобилии почти во всех тканях, независимо от их практики управления. Обилие так называемого таксона Enterobacteriaceae ( Enterobacteriaceae sp. На рис. 6 ), Erwinia и Escherichia-Shigella значительно больше в обычных яблоках.....
Было установлено, что практика управления значительно стимулирует микробиоту всех тканей яблока. Разнообразие было значительно выше во всех органически выращенных тканях (за исключением конца чашечки), и состав микробиоты отличался между органическими и обычными аналогами тканей.....
Весьма разнообразный микробиом яблок с органическим управлением может, вероятно, ограничивать или препятствовать распространению патогенных микроорганизмов человека, просто превзойдя их; Отрицательные корреляции между численностью патогенов человека и естественным микробиомом свежих продуктов уже были описаны ( Cooley et al., 2006 ). Описанные микробные паттерны в органических яблоках напоминают влияние полифенолов яблок на здоровье человека, которые, как было показано, не только облегчают аллергические симптомы ( Zuercher et al., 2010 ), но также способствуют росту Lactobacillus и Bifidobacterium в кишечнике человека и уменьшить количество пищевых патогенов ( Taguri et al., 2004 ; Bialonska et al., 2010 ). Учитывая, что специфические микробные сигнатуры могут снижать пищевую аллергию ( Kalliomäki et al., 2010 ), нативный микробиом органических и необработанных яблок может быть полезным инструментом для лечения и профилактики аллергических заболеваний. Methylobacterium , идентифицированный для усиления биосинтеза клубничных вкусовых соединений ( Verginer et al., 2010 ), был значительно выше в органических яблоках; особенно на кожуре и образцах фруктовой мякоти. Напротив, Ralstonia и Erwinia , часто описываемые как вредные для здоровья растений ( Denny, 2007 ; Pirhonen et al., 2018 ), преобладали в обычных яблоках. Наши результаты в значительной степени соответствуют недавнему исследованию сообщества грибов, связанных с фруктами яблони ( Abdelfattah et al., 2016 ), где авторы наблюдали специфичность грибковой микробиоты для различных тканей и методов управления. Соответственно, предполагается, что практика управления отвечает за различный бактериальный и грибковой состав сообщества....
....бактерии занимают ткани яблок органического и традиционного происхождения в одинаковом количестве, а практика управления определяет их состав и разнообразие. .....

Заключение
Исследование микробиоты плодов яблони привело к глубоким различиям между тканями, что применимо к разнообразию, составу и численности микробиоты. Кроме того, значительный управляющий эффект на микробиоту был очевиден для всех тканей, даже для семян. Органические и обычные яблоки заняты одинаковым количеством микробиоты; потребление всего яблока включает в себя приблизительно 100 миллионов копий бактериальных генов. Тем не менее, свежесобранные, органически обработанные яблоки содержат значительно более разнообразную, более равномерную и отчетливую микробиоту по сравнению с обычными; Изобилие почти 40% бактериальных родов и порядков значительно различалось между яблоками с органическим и традиционным управлением. Кроме того, органические яблоки, по-видимому, оказывают благоприятное воздействие на здоровье потребителя, растения-хозяина и окружающую среду в отличие от обычных яблок, которые, как было установлено, содержат потенциальные пищевые патогены.